Senati është organi më i lartë akademik i Universitetit, i cili është përgjegjës çështjet e përgjithshme strategjike që lidhen me kërkime, studime, mësimdhënie, kriteret për pranimin e studentëve, për zgjedhjen dhe avancimin e personelit akademik, përmbajtjen e plan programeve, sigurimin e cilësisë dhe vlerësimin etj. në përputhje me detyrat dhe obligimet e tij.

Anëtarët e Senatit të Universitetit të Gjakovës "Fehmi Agani" janë:

Prof. Ass. Dr. Drilon Bunjaku, Rektor

Prof. Asoc. Dr. Ilmi Hoxha

Prof. Asoc. Dr. Labinot Berisha

Prof. Dr. Haxhi Kamberi

Prof. Ass. Dr. Ferdi Kamberi

Prof. Asoc. Dr. Nexhmije Kastrati

Prof. Ass. Dr. Elsa Vula

Prof. Asoc. Dr. Artan Nimani

Ass. Granit Kelmendi

M.Sc. Linda Dula - Halilabazi, Sekretar Ex-officio

​Abedin Sadrija

Lirigzon Goçaj - Kryetar i Parlamentit Studentor

Ardiana Iberhysaj - Studente