Qendra Shëndetësore Universitare, Instituti për Mjedis dhe Shëndet, Qendra Didaktike për Përsosmëri në Mësimdhënie janë vetëm disa prej këtyre organizmave brenda UGJFA-së që i mbështetin studentët nga dita e parë e studimeve, tek përgatitja e tyre për tregun e punës, si dhe deri tek jetësimi i ideve dhe projekteve të tyre.

Shumica prej tyre janë qendra të cilat i dalin në ndihmë studentëve, por edhe personelit akademik të Universitetit të Gjakovës “Fehmi Agani”, që kanë për synim promovimin e mësimdhënies më efektive dhe cilësore, kryerjen e aktiviteteve hulumtuese shkencore dhe ofrimin e shërbimit të kujdesit shëndetësor për studentët dhe personelin e Universitetit.

Kjo bën që studentët e UGJFA-së të jenë të veçuar në tregun e punës dhe të kenë kapacitet për të zhvilluar ide të reja dhe shumë të kërkuara në tregun aktual, e kjo është edhe arsyeja që pothuajse në shumë institucione dhe kompani private gjenden studentë të UGJFA-së, të cilët japin dijen e tyre për vendin ku punojnë. Ndërkaq, duke u udhëhequr nga stafi profesional i UGJFA-së, këto qendra tashmë njihen për funksionin dhe rolin e tyre në ndërtimin e gjeneratave të reja.